De dispositie van het Pels-Orgel tijdens de ingebruikname 1959:
| Hoofdwerk (II): | Rugwerk (I): | Zwelwerk (III): | Pedaal: |
| Holquintadeen 16 | Holpijp 8 | Holquintadeen 16 | Praestant 16 |
| Praestant 8 | Quintadeen 8 | Praestant 8 | Subbas 16 |
| Salicionaal 8 | Praestant 4 | Viola di Gamba 8 | Holquintadeen 16 |
| Roerfluit 8 | Spitsfluit 4 | Voix Céleste 8 | Octaafbas 8 |
| Holquintadeen 8 | Octaaf 2 | Holquintadeen 8 | Gedekt 8 |
| Octaaf 4 | kwintfluit 1 1/3 | Praestant 4 | Octaaf 4 |
| Fluit 4 | Sesquialter 2 sterk | Koppelfluit 4 | Ruispijp 2 2/3 IV |
| Kwint 2 2/3 | Scherp 3-4 sterk | Nasard 2 2/3 | Bazuin 16 |
| Vlakfluit 2 | Dulciaan 8 | Superoctaaf 2 | Trompet 8 |
| Sesquialter 3 sterk | Terts 1 3/5 | Klaroen 4 | |
| Mixtuur 5-6 sterk | Sifflet 1 | ||
| Trompet 8 | Kleinmixtuur 1 1/3 III | Koppelingen: | |
| Hobo 8 | HW+RW, | ||
| Kromhoorn 8 | HW+ZW, | ||
| RW+ZW, | |||
| P+HW, P+RW, | |||
| P+ZW |
Van Pels tot Kaat & Tijhuis
Na de oplevering van het orgel in de Nieuwe Kerk, bleek al snel uit verschillende klachten dat de organisten niet zo tevreden waren als de doorsnee kerkgangers. Er waren problemen met storingen, de Prestantpijpen en de intonatie van het orgel. De grote pijpen, waaronder de Prestant 16′, begonnen direct te verzakken en werden later voorzien van rolbaarden om de klank meer sturing te geven. De intonatie van het orgel was ook niet optimaal, met een aflopende sterkte in de discant die resulteerde in een weinig sprankelend klankbeeld. Bovendien waren er problemen met bijspraak en zwijgende tonen. De Bazuin 16′ van het pedaal verzakte dusdanig dat er in 1965 koperen inzetstukken moesten worden geplaatst. In 1967 vond er zelfs een totale herintonatie plaats door Pels, maar helaas zonder aanvaardbaar resultaat. Een groot probleem was de totaal mislukte Sesquialter van het Hoofdwerk, welke volgens de adviseur een zachte regaalachtige tongwerkklank zou moeten hebben als gevolg van het toepassen van een 1 1/7′ (septime) koor. Deze uiting van de toenmalige ‘orgelbeweging’ werd door de adviseurs helaas gesteund, waardoor men slechts met tegenzin bereid was om dit register aan te passen.
Aan het einde van de jaren ’70 waren de organisten alle storingen en intonatieproblemen zat, en zochten ze contact met de Orgel Advies Commissie (OAC) van de Gereformeerde Organisten Vereniging. Johan van Dommele, organist van de Eusebiuskerk in Arnhem, en Herman Smedema, organist van de Petruskerk in Leens, kwamen als adviseurs naar Kampen en bevestigden volledig de klachten die door de organisten waren geuit.
Arie Fonteyn van Fonteyn-orgelbouw had zich kort daarvoor vanuit Amsterdam in Kampen gevestigd en had in 1977 het nieuwe orgel in de Westerkerk voltooid. Hij onderzocht het orgel in de Nieuwe Kerk en deed een aantal voorstellen. Vanwege het faillissement van zijn firma werden de lopende opdrachten en het advies over dit orgel overgenomen door de firma Kaat & Tijhuis. Een prettige bijkomstigheid was dat Marinus Elize Kaat bij de Fa. Pels uit Alkmaar had gewerkt en het orgel al sinds 1965 kende.
Het eensluidende advies van zowel adviseurs, orgelbouwers als organisten luidde als volgt:
- Vervang de 10 frontpijpen van de Prestant 16′.
- Vervang het pijpwerk van de Prestanten, Octaven en Mixtures van zowel het Hoofdwerk als het Zwelwerk.
- Vervang het pijpwerk van alle manualen van de Fluiten.
- Omintoneren van de Holquintadeen (met al zijn transmissies) tot Bourdon.
- Verschuif de Kromhoorn 8′ van het Zwelwerk naar 16′, waarbij het groot octaaf vernieuwd moet worden.
- Herstructureer de Sesquialter van het Hoofdwerk om een acceptabel geluid te verkrijgen.
- Voer een totale revisie uit van de tractuur en de speeltafel.
- Voer een totale herintonatie uit.
In 1979 werd de opdracht gegund aan de firma Kaat & Tijhuis en werden bovenstaande punten uitgevoerd. Op 14 februari 1981 werd het orgel opnieuw in gebruik genomen.
De dispositie van het Pels-Orgel na de renovatie door Kaat & Tijhuis:
| Hoofdwerk (II): | Rugwerk (I): | Zwelwerk (III): | Pedaal: |
| Bourdon 16 | Holpijp 8 | Gedekt 16 | Prestant 16 |
| Prestant 8 | Quintadeen 8 | Prestant 8 | Subbas 16 |
| Salicionaal 8 | Prestant 4 | Viola di Gamba 8 | Octaafbas 8 |
| Gedekt 8 | Spitsfluit 4 | Vox Celeste 8 | Gedekt 8 |
| Octaaf 4 | Octaaf 2 | Bourdon 8 | Octaaf 4 |
| Fluit 4 | Quintfluit 1 2/3 | Prestant 4 | Ruispijp 2 2/3 IV |
| Quint 2 2/3 | Sesquialter 2 sterk | Koppelfluit 4 | Bazuin 16 |
| Octaaf 2 | Scherp 3-4 sterk | Nasard 2 2/3 | Trompet 8 |
| Sesquialter 3 sterk | Dulciaan 8 | Nachthoorn 2 | Klaroen 4 |
| Mixtuur 5-6 sterk | Terst 1 3/5 | ||
| Trompet 8 | Sifflet 1 | ||
| Kleinmixtuur 1 1/3 III | |||
| Kromhoorn 16 | |||
| Hobo 8 | |||